드디어 원인을 찾아냇습니다.
도아님 블로그는 여러사람들이 이용하는 곳이니깐, 이곳에 팁을 올려두는 게 좋을 것같군요.
Cydia에는 기존에 Stack Cracked버젼이 있었고, 도아님이 언급하신 소스추가로 V3버젼도 구할 수 있습니다. 둘 다 설치를 하면 바로 안전모드로 들어가게되어 사용을 못했습니다만, 안전모드인 상태에서 '설정'-'Stack'을 차레로 클릭해보면, 「Display As」라는 메뉴가 보입니다.
이곳의 기존 설정값이 Image로되어있어서 안전모드로 실행되는 것이더군요.
설정값을 Image가 아닌 Single Icon이나 Cascaded Icons로 바꾼 후 리부팅하면 정상적으로 설치되는 것을 확인 할 수 있습니다.